К  примеру выдается  такая строка
svnadmin: Bad database version: compiled with 4.2.52, running against 4.3.27

Для решения можно сделать дамп репозитария
svnadmin dump MyRepo > MyRepo.dump
Пересоздать репозитарий, и залить в него дамп  командой
svnadmin load MyRepo < MyRepo.dump